MTsN 3 Trenggalek pada mulanya  bernama PGA 4 tahun  yang didirikan oleh para tokoh masyarakat dan para kyai kecamatan Munjungan pada tahun pelajaran 1964/1965 tepatnya pada tanggal 01 Agustus 1965, dengan susunan pengurus sebagai berikut :

Ketua Pengurus                        :     Bapak Imam Mujadi

Wakil Ketua Pengurus             :     Bapak Imam Mukono

Kepala Sekolah                         :     Bapak K.Fachrurrozi

Wakil Kepala Sekolah              :     Bapak Soekono Hadi

PGA 4 tahun ini berlokasi di komplek Pondok Pesantren Sumber Agung Kecamatan Munujungan Trenggalek. Sekolah tersebut mendapat sambutan yang positif dari masyarakat ,walaupun harus masuk siang karena tempat belajar  dipondok pesantren sumber agung masih  sangat    terbatas sebab pagi untuk kegitan pembelajaran siswa-siswi MI, sedangkan siangnya untuk kegiatan pembelajaran siswa-siswi PGA 4  tahun .

Setelah berlangsung kurang lebih 6 tahun  atas instruksi dari Departemen Agama Kabupaten Trenggalek, bagi lembaga yang mempunyai kesamaan dengan SMP untuk ikut ujian MMP (Madrasah Menengah Pertama). Maka Pada Tahun 1971, PGA 4 tahun Munjungan dirubah namanya menjadi MMP 3 tahun  Munjungan.  Perpindahan nama ini  tidak berlangsung lama karena MMP tidak terurusi dengan baik. Terutama bagi siswa yang ingin meneruskan ke PGAA/PGA 6 tahun terpaksa  harus mengikuti ujian PGA 4 tahun lagi, padahal peserta ujian MMP adalah siswa kelas III PGA 4 tahun.

Dengan adanya perubahan yang tidak positif diatas, maka para pimpinan PGA 4 Tahun mengambil kebijaksanaan untuk kembali kepada nama asal yaitu PGA 4 tahun. Yang kemudian PGA 4 tahun Munjungan ini terus berlanjut sampai tahun 1978.

Dalam rangka untuk meningkatkan  mutu pendidikan PGA 4 tahun Munjungan  ini, maka berdasarkan keputusan rapat kerja Direktorat Pendidikan bersama-sama Kepala Bidang Pendidikan Agama Islam seluruh Indonesia tanggal 16 -19 Maret 1977 di Jakarta telah menetapkan agar PGA 4 tahun dijadikan 3 tahun. Dengan adanya intruksi ini akhirnya PGA 4 tahun dirubah namanya lagi menjadi MTs Nuril Ulum Munjungan, hal ini dimaksudkan untuk meningkatkan mutu pendidikan yang dikelola.

Untuk meningkatkan mutu pendidikan  di MTs Nuril Ulum Munjungan ini pada Tahun 1980 diusulkan penegerianya dan akhirnya dikabulkan dan diterima menjadi  MTsN Kampak Filial di Munjungan.

Akhirnya pada tahun  1990 MTsN Kampak Filial di Munjungan ini berubah menjadi MTsN Munjungan . Yang kemudian pada tahun 2005 sudah bisa menempati lokasi tersendiri. Lokasi MTsN Munjungan Trenggalek yang baru terletak di desa Munjungan Kecamatan Munjungan Kabupaten Trenggalek, berada dalam tengah kota kecamatan Munjungan, sedangkan dari Kota/Kabupaten Trenggalek ke arah Selatan  ± 45 km.)